MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Yersinia pestis D106004 plasmid pPCY1

Total Repeats: 89

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017156	AACG	2	8	4	11	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_017156	TGG	2	6	1913	1918	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017156	CGT	2	6	1944	1949	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_017156	TGA	2	6	1958	1963	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017156	T	6	6	2015	2020	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017156	CAG	2	6	2096	2101	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_017156	ACA	2	6	2116	2121	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_017156	A	6	6	2132	2137	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017156	AC	3	6	2211	2216	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_017156	GAT	2	6	2241	2246	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017156	T	6	6	2373	2378	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017156	GTT	2	6	2381	2386	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017156	T	6	6	2385	2390	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017156	GTC	2	6	2399	2404	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_017156	GACGG	2	10	2503	2512	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017156	A	6	6	2526	2531	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017156	TGT	2	6	2536	2541	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017156	TCAG	2	8	2544	2551	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_017156	ACAG	2	8	2559	2566	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_017156	T	7	7	2652	2658	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017156	T	6	6	2705	2710	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017156	TAC	2	6	2721	2726	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_017156	A	7	7	2746	2752	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017156	AAT	2	6	2799	2804	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017156	AACA	2	8	2928	2935	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_017156	ACA	3	9	2933	2941	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_017156	CGA	2	6	3017	3022	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_017156	GGC	2	6	3026	3031	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_017156	TG	3	6	3034	3039	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017156	GAA	2	6	3060	3065	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017156	GCG	2	6	3408	3413	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_017156	CTCA	2	8	3425	3432	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
33	NC_017156	CA	3	6	3453	3458	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_017156	GCA	2	6	3878	3883	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_017156	TTGAAG	2	12	3925	3936	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017156	T	6	6	4061	4066	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017156	GCA	2	6	4076	4081	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017156	A	7	7	4094	4100	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017156	AAG	2	6	4108	4113	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017156	CAG	2	6	4155	4160	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_017156	ATG	2	6	4167	4172	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017156	TGC	2	6	4188	4193	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_017156	TGTA	2	8	4218	4225	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017156	T	8	8	4264	4271	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017156	ATT	2	6	4309	4314	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017156	ATTT	2	8	4322	4329	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017156	A	8	8	5911	5918	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017156	A	8	8	5928	5935	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017156	TAA	2	6	5969	5974	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017156	CGC	2	6	5980	5985	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
51	NC_017156	AAT	2	6	6001	6006	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017156	GAC	2	6	6548	6553	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_017156	ATT	2	6	6570	6575	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017156	ATT	2	6	6591	6596	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017156	ATA	2	6	6625	6630	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017156	AG	3	6	6646	6651	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017156	TC	3	6	7620	7625	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_017156	TCC	2	6	7632	7637	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
59	NC_017156	GGA	2	6	7646	7651	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017156	AGG	2	6	7663	7668	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017156	TG	3	6	7692	7697	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017156	TGT	2	6	7738	7743	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017156	CAC	2	6	8537	8542	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_017156	ACAG	2	8	8570	8577	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_017156	CAA	2	6	8588	8593	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_017156	CCG	2	6	8607	8612	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_017156	ACGA	2	8	8667	8674	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_017156	TGCC	2	8	8677	8684	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
69	NC_017156	T	6	6	8705	8710	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017156	TGG	2	6	8718	8723	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017156	CAA	2	6	8802	8807	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_017156	TCAGAC	2	12	8850	8861	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_017156	CAG	2	6	8867	8872	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_017156	CTGT	2	8	8950	8957	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_017156	CAA	2	6	9022	9027	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_017156	TGC	2	6	9073	9078	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_017156	A	8	8	9079	9086	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017156	AAT	2	6	9190	9195	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017156	ACAA	2	8	9207	9214	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_017156	T	6	6	9221	9226	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017156	T	7	7	9234	9240	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017156	TAAT	2	8	9264	9271	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017156	T	7	7	9356	9362	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017156	CCT	2	6	9377	9382	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_017156	CCA	2	6	9407	9412	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_017156	A	6	6	9416	9421	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017156	AGG	2	6	9431	9436	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017156	A	6	6	9541	9546	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017156	ATA	2	6	9572	9577	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.